マルチサイトを解除して設定からメディアメニューを開くと、アップロード先のパスが表示される。(何故かマルチサイトにすると表示されない)そこにあった設定を見たところ、なぜか、別ドメインのパスになっていた。心あたりはないが、自分でセットしたのは間違いなさそうだ。

そのパスを正しいドメインにしてみたところ、復旧。別ドメインのuploadsにあったファイルを移動して画像も復元完了。